与疾病同进化
人类由此开始发展起复杂的免疫系统，使其能够与入侵者一起生存下来。
早期的农民，特别是他们的孩子，一直面对着来自土壤粪便污染的钩虫，以及可能来自猪的蛔虫的威胁。这些寄生虫联合侵袭人体，在肠道内与宿主争夺蛋白质，导致贫血症。人们则在与这些疾病的抗争中，被剥夺了重要的营养物质，很难经受住病原体的再次侵袭。
因此，这种寄生虫疾病的周期性循环就此延续下去。讽刺的是，当人类将自身的日常活动与自然切断，并努力控制时，由于微生物的活力，其寄生性的侵害反而增加了。
与病原体博弈
微生物优势明显，它们极快地繁殖，当人类尚在从婴儿走向生育年龄的路途时，微生物已进行了数千次的生命循环。但在这场力量悬殊的斗争中，人类并不是完全没有防御能力的。最好的情况是，那些在病后幸存下来的人们，留有可完全避免另一次侵害的能力，至少也拥有了抵御其破坏性的免疫力。
人类由此开始发展起复杂的免疫系统，使其能够与入侵者一起生存下来。病原体也配合了这一免疫学的发展过程。尽管那些最易感的人死去了，但也因那些病原体的致病力最强，它们在杀死宿主的同时也杀死了自己。因而，入侵者与被入侵者达成自然的妥协——宿主幸存下来，却把病原体传给其他宿主。
在自然的督促下，母亲在抵抗疾病中获得的免疫力，经胎盘传递给新生儿，帮助个体获得先天的保护，从而避免患病。例如在镰状疟原虫疟疾病例中，一些带有镰状细胞痕迹的个体，在能量代谢中的不足，或其他几种血液异常，都增加了对这种疾病的抵抗力。而具有这类特性的基因，在疟疾高发地区增殖扩散。
各种寄生虫的广泛传播，使人类产生了耐受性，或者似乎是产生了对寄生虫不完全的免疫性。实际上，这一规律可能是因为人与某种特殊病原体长期密切接触，产生并发展起来的与该病原体共存的一种能力。
然而，人类与另一些疾病共存，却要困难得多，这便是瘟疫。人类数量上的增加，支持这些疾病以新形态出现。有关人类的这些新瘟疫是在何时何地首次发生的思考，由于缺乏参考资料，目前仅是猜测。可以肯定的是，早于公元前3000年的美索不达米亚和埃及，已出现了5万人口的城市。在印度次大陆的印度河谷地带，也出现了大量人口。这些地方实际上已有放牧的牛群，它们携带数种可播散到人类的病原体，也许还包括天花病原体。而南亚的古印度神庙，看来已建立了对天花神的崇拜，这是天花很早就存在的证据。另外，古印度似乎已发明了对天花的预防接种。
迁徙助长瘟疫
关注近现代疾病史研究的麦克尼尔（McNeill，W.）判定，自大约公元前500年开始，亚洲和欧洲的病原体，已开始影响文明的发展进程。这些病原体是引发天花、白喉、流感、水痘、流行性腮腺炎以及大量其他疾病的寄生性微生物。它们在人类间快速直接地传播，不需要中间媒介。
这些新疾病改变了人类的历史进程。虽然在人群中出现一种特殊疾病时，往往可能产生某种抵抗该疾病的免疫力。但是四处流窜的盗匪、长途贩运的商人以及传教士和军队的活动，使得各种文明不再与外界隔绝。他们在从一地向另一地的不断迁移中，也与病原体的所在地发生了联系。这样，一种人们熟悉的疾病就成为另一些人的瘟疫。
新病原体发病的直接后果，是一场大规模的流行。随着人口中绝大多数易感个体的死亡，而戏剧性地终止。然后，幸存者们开始了一个痛苦的人口恢复过程。接着，又是接二连三的新疾病的袭击。已经发展得大到足以对付这类疾病的人口数量，会突然变得小到难以应付。
由于每个人都有免疫力，而出生后的个体几乎没有无免疫力，因此，疾病本身也会逐渐消退。只是当人口数量再次增多，并且充满大量低抵抗力的人之后，疾病会再次反复。
当一群人度过流行病学的缓解期后，新疾病就侵袭另一部分增长了的、通常临近食物供应极限的人群。简言之，当免疫对那些幸存者起到调节缓和作用时，新疾病则对防止人类的人口过剩变得重要。